理解眼表微生物与催泪Proteome - BET TOR伟德,伟德官网下载地址苹果

抽象性

目标:研究的目的是探索视觉表面微生物与人类催泪蛋白之间的交互作用,以便更好地了解与视觉表面相关疾病的病理生成

方法论:20名参与者的20双眼被纳入研究镜面微生物由全元散射猎枪排序使用盖子和并发网并用色谱并发质谱测量识别催泪蛋白子元函数剖析后,对子元元函数剖析进行了基因本体学评估,并评估了眼微粒子和催泪子子的联系研究

结果:二百二十九类识别Actinobactria并原生菌最丰富的phila原生acriuma并Staphilococcus内盖比并发licolisine核聚变和L-solecine生物合成基因丰富phylum相交固态和脂肪酸新陈代谢农本并检测维他命B1合成和抗微生物活动以及heme生物合成、L-arginine和L-citruli

结论:视觉表面微生物被发现与催泪蛋白相关联并作用于人性免疫防御这项研究对视觉表层相关疾病的治疗策略开发有潜在影响。

人体微生物由数万亿的细菌、病毒和真菌组成并生存在人体中人类微生物项目于2007年确定5个不同体址的微生物特征,包括皮肤、胃肠道、口腔孔、鼻孔和阴道健康人体主体,从而提高对与人类健康和疾病有关的微生物植物的了解 ^一号正常生理条件下微生物系自动机生态多功能中断自闭症即维生症与多重疾病相关前几次研究显示内脏微生物组成和功能关联数眼病,如与年龄有关的畸形 ²视网膜抑制 ³

人微生物项目尚未研究眼表面因此,对该领域微生物组成知识,即视觉微生物学知识仍然有限,仍需要更多的调查。细菌殖民化健康主体 ⁴无法识别整个细菌多样性举个例子 Stophilococcus物种, 菌并 原生acriuma可从盖边框培养 ⁵表示同源细菌的存在,但更深入描述微生物组仍是一个挑战过去几年中,现代排序技术允许对视觉微生物作具体的细菌特征描述和功能剖析使用16s RRNA排序分类细菌并发分解成25phla和526奇异谱最常发现phila Proteobactria,Actinobactria并固态带 Corynebacterium, Propionibacterium, Pseudomonas, Staphylococcus, Streptococcus并 Acinetobcker最支配性眼谱 ⁶在这次研究中,我们分解和功能特征分析从聚合和封装到全元猎枪排序,允许细菌和病毒及真菌剖析并识别相关路径

与口服和内脏微生物相比,眼微生物所储存的种类少得多,至少部分用米博米脂肪中的反微生物成分解释maibomian脂层组成毛毯和脂层,覆盖中间水层和内滴眼泪层图1A). ⁷总体而言,后者的构成反映底层组织的健康,并因此多次尝试探索人体催泪蛋白检测目表健康与疾病的潜在生物标志 ⁸ ^- ¹¹使用高速TribleTOF5600系统应用质谱学综合表1543蛋白质,可用作生物标志发现人类催泪质子参考表 ¹²研究中,通过纳米液相色谱并发质谱学(nLC-MS/MS),我们量化2 172滴粒子可扩展此链表,此外,我们还从功能上分类催泪蛋白与剖面微生物数据相关研究

图1

视觉表面微生物与催泪蛋白间的互动催泪薄膜由内聚分解层组成,中间水分层由拉克林地隐蔽,外脂层由米波米亚脂组成镜面微生物测序使用结膜和眼板和催泪原形标注Schirmer条状体收集流水(A)(更多细节见2.2节)。液态眼泪成分可能受表面微生物影响,反之亦然,通过催泪原体中发现反微生物成分,如lactoferrin、lipocalin-1、lysozyme和Enteolbulina

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视觉表面微生物与催泪蛋白间的互动催泪薄膜由内聚分解层组成,中间水分层由拉克林地隐蔽,外脂层由米波米亚脂组成镜面微生物组用结膜编程,眼板和催泪原形特征由Schirmer条状收集流水(Schirmer条状体收集流水分分解分解法(Schirmer条形体收集流水分解法)(Swartict和Eyelid和Exteome分解分解分解法) A级) (更多细节见第2.2节)。液态眼泪成分可能受表面微生物影响,反之亦然,通过在催泪蛋白中发现反微生物成分,如lactoferrin、lipocalin-1和Lysozyme B级)

不过,虽然眼表的微生物组成与对眼部健康和疾病有关键影响的撕裂液蛋白之间似乎有潜在交互作用,但迄今尚未研究这两个系统之间的联系问题。因此,在本研究中,我们在人眼微生物和催泪蛋白间进行了关联研究,为识别视觉表面疾病和相关系统疾病状态的潜在生物标志打基础

方法论

学习设计招聘

伯尔尼州伦理委员会批准了这项研究(Clinicaljudges.gov:NCT04656197)。程序遵循了《赫尔辛基宣言》和《国际医学研究伦理指南》(国际医学组织理事会)。接收口头和书面信息后,所有参与者在注册学习前都表示书面知情同意

参赛者(参赛者) N级20岁或60岁以上连续从瑞士伯尔尼大学医院理科录入最近3个月有眼外科手术历史的病人、过去3个月中系统或局部抗生素以及冒烟者和参与者带隐形或使用系统免疫机和cortcosteroid验证未满足排除标准并给予书面知情同意后,随机选择了一位代表目录入

样本收集

催泪液由Schirmer2型抽取测试使用一滴TetracaineHCLThea PharmaS.A.SchaffhauseTetracainHCL注入三分钟后,标准滤波带(Haag-StreitAG,Köniz,Berni5分钟后,脱机立即处理抽取流水,详情如下接下去,沿盖子边缘取盖子和用无菌棉棒编织薄膜(Applimed SA,Chatel-St-Denis,Service) 图1A).负控件无效棉棒 N级=2并加一滴TetracaineHCL N级=2分别处理为盖子和并发网

代元式脱氧核糖核酸排序注解

液压并发器和负控件处理并在同一天使用E.Z.N.A隔离脱氧核糖核酸micELet基因组脱氧核糖核酸包(OmegaBio-Tek公司、Norcross公司、USA公司)根据制造商协议使用100 mg/mlRNA综合消化步数A(Qiagen,Hombrechtikon公司,瑞士)。脱氧核糖核酸存储于-20摄氏度直至进一步分析

脱氧核糖核酸带入瑞士伯尔尼大学下一代定序平台,用于代用猎枪排序Nextera脱氧核糖核酸Flex库准备包用于图书馆准备沿IllumaNovaSeq6000定序系统标准管道排序排除低质量读数映射人类脱氧核糖核酸后产生150b双端读数使用Trimmotical0.32 ¹³并用Bowtie2 2.2.4版绘制人参考基因组hg19 ¹⁴

关于分类注解,Metgenomic物理分析工具2.6.0版(MetaPhlAn2)和标记数据库20版 ¹⁵应用默认设置使用Bowtie2计算每个分类单元的相对丰度,然后对准并实现每片读数归正

关于功能注解,人类微生物项目 ¹⁶统一元分析网 ¹⁷)应用默认设置提供MetaPhlAn2分类剖面函数说明2HUMAN2 ³终于提供一套路径包括它们的丰量

眼泪流水收集处理

流水浸泡槽插入0.5mLProteinLoBind管内(EppendorgAG,Habburg,Derland)用甘露穿透底部2mL质谱管并最大速度离心机5分钟Posa等初始描述程序 ^18号并允许提取流泪催泪液存储于-80摄氏度直到NLC-MS/MS进一步分析

2微值LC-MS/MS稀释液8m尿素/100mTris样本填充达20ml+6xLaemli缓冲并煮5分钟95摄氏度后加载12.5%SDS-PAGE凝胶样本开发成凝胶约1.5cmProteins与Coomassie蓝色染色,每条车道切成五波段等大gel带切成小立方块,转成1.5ml聚丙烯反应小瓶并用100mL20%乙醇湿化存储4°C直至消化

关于NLC-MS/MS分析,20个样本随机整理以控制样本处理偏差Proteins用凝胶消化,别处描述 ^19号sm/s分析由EASY-nLC1000色谱相加快速高频质谱仪组成的工具搭建Peptides嵌入AcclaimC18PepMap100前列(5m,100+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++检测m/z400至1400的分辨率为60 000(m/z250),自动增益控制目标为1E06,最大离子注入时间为50ms顶值15数据依存分解法应用如下设置:前端离子宽1.6m/z、分辨率1550、AGC1E05、最大离子时间110ms、电荷加2+7+ions、Peptide匹配和动态排除20秒

质谱数据用maxQuant/Andromeda1.6.1.0处理,使用默认设置检测峰值,严格切分规则允许最多三次漏分,对metionine可变氧化化,蛋白N-termini退缩,对asqine和drome串行匹配使用时相邻凝胶分数间保留0.7分钟,样本间则不使用SwissProt人类蛋白序列数据库(2019_02版)用于解释碎片谱,初始质容度分别为先质10ppm和碎片离子20ppm接受蛋白质识别法时,每组蛋白至少两片薄片以1%假发现率截取跨样本解析最大量计算蛋白类LFQ强度中值LFQ强度用作调试的临界值:如果所有样本中值LFQ质组小于样本中子值LFQ值,则对应样本中蛋白度被视为上调LFQ类中位数高或等值蛋白类中值,则相关样本中蛋白调低

生物信息分析

为了识别微生物丰度和路径丰度的差异,应用了Wilcoxon排名和测试功能增益分析调控质素String11.0版 https://string-db.org/)应用日志LFQ值排名生成的GeneOntology术语在所有样本中至少80%被使用为关联研究元数据(见下文)。R软件(3.6.1)用于执行其他分析以主组件分析法对覆盖层和并发样本之间的微生物丰度和路径丰度进行全局分析,R包 ade4 ^20码应用应用五氯苯甲醚使用MetaphlAn2识别的相对丰度和HUMAN2识别路径的缩放值可视化单个样本分类介面和联结图4A和 4.b.变异多变分析应用R包 素食者 ^21号评估千变法提供 P级值分离微生物和功能特征协会与蛋白质特征协会通过线性模型多变联系识别 ^22号R打包值值阈值0.40和N++0下至少50%样本按FDR调整后被视为重要关联(Benjamini-Hochberg)。

结果

人口数据

共收集20个参赛者20双眼中的20个盖子和20个并发体流水因为双目微生物 ^23号和流泪预言 ^24码视年龄而定,我们包括60岁或60岁以上的参与者,平均值为69.7+8.3(SD)。75%学习参与者为男性,25%为女性

人表微生物分类功能

从负控件回收的排序库质量和数量控件排序,确保没有污染排序共生成15亿千兆百兆双端读数平均插入350兆兆字数,平均36.6+7.8百万兆字数样本读数和预期一样并在最近的研究中描述其中大部分读物原生于人平均240万次样本读取约9 640万次非人高质量读取229分类群中大多数为细菌93.15%,6.83%和0.02%分别为病毒和eukaryotes类图2A).phila大赛 Actinobactria64.8% 原生菌显微机组成(23.4%) 金字塔3A级 3) Actinobactria最大类为63.1%,而最大类 Propionibacterium31.9% 农本(22.4%), and 委域名群中最丰富的基因组(21.2%) 金字塔3C 3D). 原生acriuma75.0%样本检测出正率 Agrobitium非分类并 Staphilococcus分别为67.5%、52.5%和50.0% 图2)

图2

视觉表面微生物组成相对剖面微生物组成和参赛者物种正速率(B)。顶级正率++++++

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视觉表面微生物组成相对分类组成视觉表面微生物 A级和正率参赛者 B级)顶级正率++++++

图3

悬浮和并发样本中目表微生物多样性单个样本中富集素养微生物量(A)并按位置平均数(B)。单样本中生物量相对丰度(C)并按位置平均集合n=20和lidn=20

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悬浮和并发样本中目表微生物多样性单个样本中相对丰度phola A级并平均定位 B级)个体样本中相对丰度genus级微生物 C级并平均定位 D级)并发 N级=20盖 N级=20

PCA使用 swab定位化(lid对 condistivation)分组变量确认Lidrocome基于分类丰度差异而分离出并发式微生物 P级0.032PERMANOVA分析看吧图4A).但由于功能剖面相对丰度不同,这两组无法分离( P级0.63PERMANOVA分析hitnrepat看吧图4)深入检验表面微生物特征时,我们比较介质和并发分层相对丰度,显示这两个物种 原生acriuma高山市 P级=0.015 Staphilococcus高山市 P级020Welch t级丰盛盖样本图4C)级此外,覆盖物微生物以液解 lll基因丰富 P级< 0.0001,adenosine deno P级=0.06和L-isocine生物合成路径 P级= 0.01, Welch's t级测试; 图4D).

图4

介质和并发样本之间的视觉微生物分解和功能组成分类特征丰度主组件分析分离盖和并发样本,PERMANOVA确认组间有重大差分(A)(P=0.032)。P=0.63PERMANOVA函数丰度相对丰度分类法(C)和路径与采样位置相关(均值和标准偏差显示,Wilcoxon排名和测试,P < 0.05红色盖子0=20,绿色联想n=20

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介质和并发样本之间的视觉微生物分解和功能组成主成分分析特征丰度分类盖和并发样本分离,PERMANOVA确认组间有重大差分(PERMANOVA确认组间有重大差分)(PERMANOVA) A级) ( P级=0.032功能特征丰度五氯苯甲醚没有从并发样本中分离盖子 B级) ( P级=0.63PERMANOVA)相对丰度分类 C级和路径 D级)与采样位置相关联(均值和标准偏差显示,Welcoxon级和测试 P级< 0.05)红色盖子0=20,绿色联想 N级=20

功能分类人类催泪

共确定并量化2172类蛋白质(5392个蛋白质和29 129个单片,占1%FDR),594个样本中识别(27.3%),平均1561个样本组(见图5)2172类蛋白质中,有1 589种蛋白质(73.2%)被多粒子识别Lacto转移rin、Caplin、lipocalin-1、lysozyme和Enteogloblin 图6A).跨样本均值最大量计算蛋白类免标签量化用量平均说来,963蛋白调值上升,1209蛋白调值下降(1209蛋白调值下降)( 图6)更多蛋白质下调 P级0.013无损 t级LFQ类样本中未识别值定为零,因此对应蛋白类按定义分配为下调分数

图5

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中值免标签量化所有样本的蛋白类强度LFQ所有样本密度(y轴数)表示为盒式图Y轴数表示量化蛋白数LFQ强度框内线划中值,框左边缘25百分位和75百分位,胡须扩展至最极端数据点,外端单个表示点

图6

核心人类眼泪标签免量化值集合体中最富蛋白数和每个样本受控蛋白数表示群中更多下调蛋白质(P=0.013,无损测试)。平均值和标准偏差显示IGA免疫球A内布数

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核心人类眼泪免标签量化值群中最富蛋白 A级和受控蛋白数/样本 B级)表示式群中更多下调蛋白 P级0.013无损 t级-test).平均值和标准偏差显示IGA免疫球A内布数

功能分类识别蛋白使用DAVID生物信息工具 ^25码 ^, ²⁶基于GO类别细胞组件、生物过程和分子函数图7)细胞组件前5子类为外细胞exoosy(20%)、citoplasm(17%)、citosol(17%)、核心(11%)和membrane(8%!看吧图6A).生物过程分类显示这些蛋白质主要涉及细胞粘合(16%)、蛋白解解析(13%)、氧化还原过程(9%)、反微生物幽默响应(9%)和内生免疫响应(8%!看吧图6)分子函数方面,大多数蛋白质都与蛋白绑定相关(48%),其次是聚A绑定(10%)、aTP绑定(9%)、cadherin绑定细胞粘合(7%)和同质蛋白绑定(7%); 图6C)级

图7

函数分类催泪蛋白基于GeneOntology类细胞组件(A)、生物过程(B)和分子函数(C)使用DAVID生物信息工具分类

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函数分类催泪蛋白基于Gene本体学分类细胞组件分类 A级生物过程 B级)和分子函数 C级使用DAVID生物信息工具

人表微生物与催泪普罗特

基于向上向下调试蛋白列表,我们在Stringe执行功能浓缩分析 ¹⁷日志LFQ类强度排名生成GO条件在所有样本中至少80%被发现表2用于视觉微生物与催泪蛋白的联系研究通过线性模型多变量关联(maasLin)研究微生物相对丰度分类特征或功能特征是否与受规范功能特征相关联MaAsLin算法中提高级步骤确保模型中只包含与给定分类或路径关联的元数据,这意味着模型法确定的所有关联都纠正所有混淆因素GO术语“脂肪酸绑定”更新与phylum正相关 固态子上调反微生物幽默响应农本维他命B1合成赫米生物合成学(glycine)、L-argini生物合成学和L-citruli生物合成学与GO词“感知化学刺激”(Sensoriews of Chemic 图8)

表态

视图表

受控基因本体术语

图8

视觉表面微生物与催泪蛋白间关联相对丰度分类法(A,B)或路径法(C-F)与上下调控基因文理学术语相关联(q值后调整假发现率 MaAsLin)。平均值和标准偏差显示

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视觉表面微生物与催泪蛋白间关联相对丰度分类 AB或路径 C-F上下调控GeneOntology条件相关联(q值后调整假发现率MaAsLin)。平均值和标准偏差显示

讨论

人眼微生物和催泪蛋白都可能在视觉表面健康和疾病中发挥重要作用,但迄今尚未调查两者之间的交互对话在当前研究中,我们描述眼表微生物和催泪蛋白并进行两个系统间的关联研究,以便提供微生物及其功能剖面和代谢物综合清单供目表相关疾病生物标志研究使用

剖面微生物学特征

视表面微生物特征随时间推移发生巨变,引进现代技术分离并发面细菌 ^27号初始方法使用传统微生物培养法识别阴性细菌 Staphilococcusa并 原生acriuma最丰富的物种视觉表面 ⁴最近,16sRRNA测序引入了对局部微生物作更深入定性的可能性,特别显示与传统种植技术相比,基因层次多样性大得多。 ^28码 ^- ^30码在这次研究中,我们使用全基因猎枪排序法,与16s RRNA排序法相比,该排序法的长处是在给定样本中所有基因组DNA排序法,导致更高分辨率并检测更多物种 ^31号并包括后代大客大客、病毒和eukaryotes类 ^32码 ^- ^34号虽然我们组群的视觉微生物组成受phola支配 Actinobactria,proteo并固态(见金字塔3A级 3B), Propionibacterium, 农本并 委域名组群中最丰富的语法(见金字塔3C 3D).研究结果与前几次研究一致。 ⁶上层物种检测到盖和并发样本的重大差异,丰度增加 Staphilococcus并 原生acriuma内盖比并发样本图4C)级以上结果可以用数项事实解释,包括两个事实 Staphilococcus并 原生acriuma,是正常人皮植物的一部分 S.后院已知为普通微信污染物,盖子本身即为人体皮肤的一部分

与16s RRNA排序相比全元散弹猎枪的另一个长处是前者允许更可靠功能剖析 ^32码液解 lll基因丰富覆盖式微生物,adenosine de novo生物合成 P级=0.06和L-isocine生物合成路径图4D).多角膜能量由有氧过程提供,眼需要高量氧和甘蔗 ^35码上文提到的所有路径都通过有氧过程产生能量,结果显示,盖子微生物比至少部分由镜面微生物代谢活动提供联结需要更高的能量

与口服和直肠微生物相比,眼微生物所蕴藏的种类少得多,而口服和直肠微生物除其他因素外,可以用米波米亚脂肪中的反微生物成分解释总体而言,后者的构成反映底层组织的健康,并因此多次尝试探索人体催泪蛋白检测视觉表面健康与疾病的潜在生物标志,如干眼 ¹⁰ ^, ¹¹脑膜炎 ⁸和舍格伦综合症 ^九九研究中通过nLC-MS/MS量化2172催泪蛋白并功能分类这些蛋白,使相关研究与剖析微生物数据相容眼表微生物可能影响眼泪的精度成分,反之亦然反之,细菌酶可催化三甘化物和胆固醇酯图1)

透面微生物和催泪程序

眼部面常接触环境并易因缺少淋巴组织而受感染 ^36号此外,视觉表面感染可能对视觉有害眼面防病原体 ^37号函数反映于数据中功能分类识别蛋白显示多位人类催泪蛋白参与生物过程图7)况且,五大蛋白质中四大催泪蛋白图6包括lactoferrin、lipocalin-1和IgA 图1)Lactoferrin和lyszyme展示广泛的抗微生物活动隐式IGA反应显示在细菌细胞上面抗原,从而抑制对视觉表面的坚持 ^38号Lipocalin-1对视觉表面保护至关重要,它溶油并因此刺激催泪膜稳定并延迟水滑空界面蒸发 ^三十九外核素是人类眼膜粘合层的主要构件,通过绑定微生物,在维护健康稳定的眼表层方面发挥着重要作用,从而防止后核素绑定镜面 ^40码在这次研究中,我们辨识出8种不同的染色体,包括Musin-1、Musin-4、Musin-5AC、Musin-5B、Musin-7、Musin-16、Musin-20和Musin类蛋白质1并识别了数种其他反微生物活动催泪蛋白,如抗白质素、elefin、prole-rich蛋白质、defensins、dermcidin、cystatins和S100蛋白族成员S100A2、A4、A6A8A9A9A10A11A12A13A16P ¹²)先前的研究显示,变换S100蛋白质水平与各种疾病相关联,包括癌症和炎症 ¹²并发现cystatinS和SN调适下滴水 ^41号除前次报告sstatinsA、B、C、D、S、N和SN外,我们首次识别人体催泪液中的cystatinSA

ocle表面微生物组成和功能剖面以及多滴蛋白反微生物活动对健康视觉表面至关重要。最重要的是,催泪膜组成不稳定导致干扰防病原体,偏向偏偏向偏偏微生物组成眼部,称它为脱菌性,并因此最终导致眼病发育这表明眼表微生物和催泪蛋白的重要性,以及这两个系统在底层组织健康和疾病方面的交互作用。这是首项研究研究相对丰度分类特征和功能特征和受控功能特征人类催泪蛋白使用多变线性模型显示phylum之间的正相关固态和分子函数“脂肪酸绑定”(见图8A).此外,Wang等显示脂肪酸绑定蛋白通过 Toll信号路径调节反微生物功能 ^42号进一步提供证据保护视觉表面不受催泪膜的病原体并显示, 上调催眠原型中“反微生物幽默响应”与 genus都成正相关农本并配维他命B1合成金字塔8B 8C)级所有生物都需要维他命B1,因为它在基本代谢路径中作用,如液解析 ^43号伟德国际官网网址此外,据报告维他命B1对包括视网膜部分组织氧化性损害具有保护效果。 ^44号

L-arginine和L-citrulline生物合成正相关调控催泪蛋白中“感知化学刺激”(GO0007606) 金字塔8E 8F)反映特定氨基酸微生物生物合成在视觉过程的重要作用GO词“视觉感知”(GO0007601)描述人视觉生理过程,即GO0007606子句最后,Heme生物合成还积极关联上调的“感知化学刺激”(见E/ESCAP 图8反映hem眼中一个基本作用本假设与前几次研究一致,研究显示内接合细胞改变heme自闭症导致动脉生成减退 ^45码多眼病相关联,如AMD此外,在人视线微内向细胞和动物眼新剖面模型中,Heme生物合成块通过imochondrial机能失常受抑制 ^46号 ^, ⁴⁷

结论

并深入功能分析显示系统及其关联对眼部健康和疾病的重要性这项研究可能对制定治疗策略产生重大影响,包括定义新疾病标志,从而允许对视觉表层相关疾病进行定向预防护理

感知感知

声明

道德核准和同意参加伯尔尼州伦理委员会批准了这项研究(Clinticaljudges.gov:NCT04656197),所有参与者都表示书面知情同意参加该项研究。

数据可用性 :支持文章结论的数据集可见于欧洲核子档案馆PRJEB38989

OS基金会支持StPFL理工学院瑞士洛桑分校Bertarelli催化基金会CFC10000044-EPFLSCR0237812

披露: 特区ysset-Burri无; I.轮廓无; J.B.Lincke无; 公元前Jaggi市无; I.凯勒无; M.海勒无; S.B.拉加什无; S.沃尔夫无; M.S.银格,无

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图1

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视觉表面微生物与催泪蛋白间的互动催泪薄膜由内聚分解层组成,中间水分层由拉克林地隐蔽,外脂层由米波米亚脂组成镜面微生物组用结膜编程,眼板和催泪原形特征由Schirmer条状收集流水(Schirmer条状体收集流水分分解分解法(Schirmer条形体收集流水分解法)(Swartict和Eyelid和Exteome分解分解分解法) A级) (更多细节见第2.2节)。液态眼泪成分可能受表面微生物影响,反之亦然,通过在催泪蛋白中发现反微生物成分,如lactoferrin、lipocalin-1和Lysozyme B级)

图2

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视觉表面微生物组成相对分类组成视觉表面微生物 A级和正率参赛者 B级)顶级正率++++++

图3

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悬浮和并发样本中目表微生物多样性单个样本中相对丰度phola A级并平均定位 B级)个体样本中相对丰度genus级微生物 C级并平均定位 D级)并发 N级=20盖 N级=20

图4

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介质和并发样本之间的视觉微生物分解和功能组成主成分分析特征丰度分类盖和并发样本分离,PERMANOVA确认组间有重大差分(PERMANOVA确认组间有重大差分)(PERMANOVA) A级) ( P级=0.032功能特征丰度五氯苯甲醚没有从并发样本中分离盖子 B级) ( P级=0.63PERMANOVA)相对丰度分类 C级和路径 D级)与采样位置相关联(均值和标准偏差显示,Welcoxon级和测试 P级< 0.05)红色盖子0=20,绿色联想 N级=20

图5

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中值免标签量化所有样本的蛋白类强度LFQ所有样本密度(y轴数)表示为盒式图Y轴数表示量化蛋白数LFQ强度框内线划中值,框左边缘25百分位和75百分位,胡须扩展至最极端数据点,外端单个表示点

图6

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核心人类眼泪免标签量化值群中最富蛋白 A级和受控蛋白数/样本 B级)表示式群中更多下调蛋白 P级0.013无损 t级-test).平均值和标准偏差显示IGA免疫球A内布数

图7

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函数分类催泪蛋白基于Gene本体学分类细胞组件分类 A级生物过程 B级)和分子函数 C级使用DAVID生物信息工具

图8

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视觉表面微生物与催泪蛋白间关联相对丰度分类 AB或路径 C-F上下调控GeneOntology条件相关联(q值后调整假发现率MaAsLin)。平均值和标准偏差显示

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